És el conjunt d'al·lels present en determinades regions físiques (locus) del genoma en un individu. En éssers diploides, en cada locus pot haver-hi dos al·lels (un per cada cromosoma), i aquests al·els poden variar entre individus.
Conèixer quins al·lels té cada individu per a diferents locus és el que es coneix com establir l'haplotip.